Выручка от иностранного покупателя приходила за минусом комиссии банка: какой датой заключить дополнительное соглашение?

Здравствуйте всем.
Нашла такую проблему от прошлого бухгалтера.
У компании заключен большой контракт с компанией-немцем. Выручка от немца всегда приходила та, которая указана в инвойсе. В 2017 году, после второго инвойса оплата пришла за минусом комиссии банка и приходила так по сей день. Доп соглашения не было, как узнала устная договоренность была. Бухгалтер не оформляла доп соглашения. Но, возмещение ндс было за 2017 год, хотя инвойсы не закрыты получается полностью. 
Теперь не знаю как сделать и что будет. Заключить дополнительное соглашение с датой 2017 года или с датой этого года? И как отреагирует на это банк и налоговая.
Спасибо за ответы.